Prolog: (Rok 1842, gdzieś w Alpach; Włochy)
Słychać strzał!
Echo wystrzału rozbrzmiewa po górach. Ciało mężczyzny spada w przepaść. Lord Henry Jagman stoi z wciąż dymiącym pistoletem w dłoni. Jego współtowarzysz, Benjamin Greaves, pospiesznie zwija obóz. Jagman rozmyśla nad obecnym stanem rzeczy. Nareszcie ma już to, czego potrzebuje do osiągnięcia celu. Pozostaje tylko poprawne odczytanie wskazówek. Trzeba jedynie czasu!
Akt I
Scena 1: (Cela w londyńskim więzieniu Newgate - światło księżyca prześwituje przez kraty)
Od wydarzeń w Alpach minęły miesiące.
Amelia Darvas marnieje w więziennej celi. Matka jej zmarła przy porodzie, a ojciec, ofiara niewłaściwych decyzji finansowych, wkrótce doprowadził rodzinę do bankructwa, a sam zginął w pojedynku. Przedtem jednak powierzył Amelii raczej niezwykły sekret - położenie podziemnego labiryntu. Amelia została bez środków do życia, a za długi ojca trafiła do więzienia Newgate bez nadziei na pomoc znikąd. Została na świecie całkiem sama.
Tego wieczora odwiedza ją Jagman z propozycją uwolnienia i spłacenia wszystkich jej długów w zamian za informację o położeniu Labiryntu. Amelia wyjawia Jagmanowi tajemnicę. Labirynt mieści się w lasach Schwarzwaldu w Związku Niemieckim, w miejscu zwanym Księżycową Polaną. Uzyskawszy cenne wskazówki, Jagman porzuca Amelię w celi, drwiąc z jej naiwności. Używa też swych wpływów, aby oskarżono Amelię o zdradę i stracono na szubienicy.
Scena 2: (Przed więzieniem Newgate - przd szubienicą zebrał się tłum gapiów)
Kilka dni później Amelia oczekuje na egzekucję. Jest rozgoryczona lecz dumna. Przeklina Jagmana i zaprzysięga zemstę w tym lub kolejnym życiu. Nagle słychać wybuch i oślepiający dym roznosi się w powietrzu. Dwie postacie w kapturach zmierzają ku szubienicy. Nieco dalej, kolejny zamaskowany mężczyzna bacznie obserwuje sytuację. Pośród panującego chaosu Amelia zostaje uwolniona. Z pomocą trzech tajemniczych postaci, skrywa się z dala od prześladowców.
Scena 3: (Na moście Southwark)
Cała czwórka dociera do mostu Southwark. Profesor Samuel King, William Gardelle i Eva Bonaduce zdejmują przebrania i przedstawiają się. Profesor wyjaśnia kim są i próbuje nakreślić powagę sytuacji. Dowiaduje się też, że Jagman zna już położenie Labiryntu. Amelia kipi nienawiścią i żądzą zemsty; jest nieufna i wroga. Eva przywołuje ją do porządku tłumacząc kim jest Profesor King. To właśnie Eva znalazła ciężko rannego Profesora we Włoszech. Wyratowała go od niechybnej śmierci i przyrzekła towarzyszyć mu w wypełnieniu zadania powstrzymania Jagmana.
Opuszczają most. William Gardelle rozmyśla nad rodzącymi się uczuciami do Amelii.
Scena 4: (Przytułek dla ubogich i bezdomnych pod wezwaniem św. Łazarza)
Profesor wyjaśnia Amelii jak doszło do obecnej sytuacji.
King jest zapalonym badaczem tajników alchemii, w szczególności prac alchemika Thomasa Anzeray'a (1535 - 1607). Po przestudiowaniu kilku listów napisanych przez alchemika do jego uczniów, King zrozumiał, że jest w posiadaniu klucza do jednej z największych tajemnic Anzeray'a - odkrycia ścieżki między życiem a śmiercią; tajemnicy znanej z legend jako „Rytuał Wskrzeszenia Anzeray'a”. U kresu życia, Anzeray zdał sobie sprawę z niebezpieczeństwa, jakie nieść mogą jego odkrycia. Wybrał się więc w podróż i podzielone na części wyniki swoich badań ukrył w kilku krajach Europy. Z tej wyprawy nie powrócił już nigdy.
King odczytał wskazówki pozostawione w listach. Mówiły one o istnieniu trzech artefaktów: Dziennika, Czaszki i Szkatułki z Siedmioma Świętymi Kamieniami. Po latach studiów nad listami Anzeray'a, Profesor był wreszcie gotów, aby wyruszyć na poszukiwanie artefaktów, dzięki którym przeprowadzenie legendarnego Rytuału stanie się możliwe. Było jasne, że taka wyprawa będzie wymagać finansowego wparcia. Znany bogacz, członek Bractwa Hellfire, badacz i podróżnik, Lord Henry Jagman, zaoferował swoją pomoc. Pomimo złej sławy otaczającej Jagmana, King zdecydował się przyjąć propozycję i wkrótce razem rozpoczęli poszukiwania.
We włoskich Alpach znaleźli Dziennik Anzeray'a. Alchemik ostrzegał w nim, że ludzkość nie jest jeszcze gotowa, więc Rytuał Wskrzeszenia może doprowadzić do wielkiej tragedii. Chcąc zaniechać dalszych poszukiwań, King przekazał ostrzeżenie Jagmanowi. Artefakty powinny pozostać w ukryciu. Lecz Jagman miał inny plan. Oddał strzał i przekonany, że był to strzał śmiertelny, ruszył dalej. Profesor jednak przeżył. Znaleziony przez Evę, odzyskał siły i podążył w ślad za Jagmanem.
W czasie opowieści Profesora, William przyłapuje dziewczynę, która próbuję go okraść. Ma na imię Jessamine. Amelia wstawia się za złodziejką. Profesor przypomina wzburzonemu Williamowi, że przecież w podobnej sytuacji się poznali - Gardelle usiłował okraść Profesora. King oferuje Jessamine ubranie i posiłek. Dziewczyna pozostaje nieufna, ale jest wdzięczna za hojność profesora.
Powracają do przerwanej rozmowy. Dzięki Amelii wiedzą już, że Szkatułka ze Świętymi Kamieniami jest ukryta w Labiryncie. Jednakże, podobnie jak Jagman, nie wiedzą jak przebyć Labirynt i przeżyć. Profesor wysyła Williama i Evę na przeszpiegi do domu Jagmana. Amelia chce do nich dołączyć, ale King zatrzymuje ją twierdząc, że wiedziona tak silnym pragnieniem zemsty może przysporzyć im kłopotów. Profesor tłumaczy Amelii, że musi nauczyć się cierpliwości i strategicznego planowania.
Scena 5: (W pracowni Jagmana)
William i Eva włamują się do pracowni Jagmana. Znajdują tam kilka przydatnych wskazówek. Nagle słyszą hałasy i muszą się ukryć.
Ben Greaves, pijany, rozgląda się po pracowni. Pilnuje go gospodyni, pani Muncey, wyraźnie niezadowolona z wizyty gościa. W trakcie głośnej sprzeczki wyjawiają istotne informacje o Czaszce. Jest ona ukryta gdzieś na Cmentarzu Highgate. Nie wiadomo dokładnie gdzie; wiadomo tylko, że w czasie pełni księżyca, światło przechodzi przez harfę anioła wskazując grobowiec, w którym znajduje się Czaszka.
Najbliższa pełnia ma być nazajutrz. Jagman planuje zgromadzić członków Bractwa Hellfire na cmentarzu Highgate. W trakcie spotkania wydobędzie Czaszkę. Brakować mu będzie już tylko Szkatułki.
Scena 6: (Kryjówka Profesora nad Przytułkiem św. Łazarza)
Professor wręcza Jessamine pieniądze i dziewczyna odchodzi. Amelia z niecierpliwością oczekuje wieści o Williamie i Evie. W zamyśleniu śpiewa piosenkę. Zapytana, wyjaśnia Profesorowi, że jest to jedyna rzecz, jaką zostawił jej ojciec - kołysanka z dzieciństwa.
William i Eva powracają i przekazują Kingowi nowiny oraz dokumenty znalezione w pracowni. Wynika z nich, że Czaszka, której poszukują jest czaszką samego Anzeray'a! Postanawiają w przebraniu wziąć udział w zgromadzeniu na Cmentarzu Highgate.
Scena 7: (Tej samej nocy na dachu Przytułku Św. Łazarza; widok na nocny Londyn)
William znajduje Amelię siedzącą w zamyśleniu, patrzącą w dal na rozświetlony Londyn. Próbuje ją pocieszyć, mówiąc, że wszystko się jeszcze ułoży. Początkowo chłodna, Amelia docenia jego starania. Ostrzega go jednak, że ucieka przed cieniem, który zrujnował jej życie i wszystko co znała i kochała. Cieniem tym jest Henry Jagman i nie spocznie dopóki sprawiedliwość nie zostanie wymierzona. Dla niej liczy się tylko zemsta!
Scena 8: (Londyński Cmentarz Highgate)
Jest pełnia. Jagman rozpoczyna zgromadzenie. Zapowiada, że wkrótce podzieli się największym odkryciem w dziejach ludzkości. Niebawem zadziwi świat!
Zegar wybija północ. Jagman znika w tłumie. Pośród rozbawionej gromady Bractwa pojawia się cygańska trupa – Amelia i jej towarzysze w przebraniu. King, Eva i William poszukują anioła z harfą. Amelię bardziej interesuje znalezienie samego Jagmana. Po dłuższej chwili dostrzegają pomnik. Światło księżyca znaczy grób, lecz został on już naruszony! Czaszka zniknęła!
King wie, że muszą uprzedzić Jagmana w zdobyciu ostatniego artefaktu. Jest to ich jedyna szansa. Rozpoczyna się wyścig z czasem.
Profesor i jego kompani stoją przed wejściem do Labiryntu. Legendy głoszą, że jest on śmiertelną pułapką dla tych, którzy zbłądzą. Znaki nad wejściem przypominają Profesorowi piosenkę nuconą przez Amelię. Zaczyna rozumieć, że kołysanka jej ojca jest rozwiązaniem łamigłówki. Prowadzeni słowami piosenki odnajdują Szkatułkę ze Świętymi Kamieniami. Profesor wypełnia szkatułkę bezwartościowymi kamykami, przypominając Amelii, że zawsze trzeba być przygotowanym na wszelkie okoliczności. Prawdziwe kamienie oddaje dziewczynie i opuszczają Labirynt. 
Tuż przed wschodem słońca Amelia i William docierają do doków, gdzie mają spotkać Profesora i Evę. Więź między Amelią i Williamem przerodziła się w coś głębszego. Dana jest im chwila bliskości. Nagle pojawia się Greaves z kilkoma najemnikami. Podczas bójki Amelia ratuje Williama zasłaniając go własnym ciałem przed pchnięciem noża Greavesa. Dziewczyna pada na ziemię. Greaves i jego ludzie uciekają z Kamieniami. Amelia umiera w objęciach zrozpaczonego Williama. W ostatnich słowach zmusza go, by obiecał, że wypełni misję do końca.
Na pokładzie panuje przygnębienie po śmierci Amelii. Profesor próbuje przekonać Williama, że nawet po tak wielkiej stracie, nie może się teraz poddać. Kapitan statku odprawia obrządek pochówku w morzu. Gdy Pheadra zbliża się do zamglonych brzegów Anglii, ostatnie pożegnanie dobiega końca. 
Pośród odzianych w purpurę członków Bractwa Hellfire, Jagman przewodzi ceremonii. Na ołtarzu oczekują Czaszka i Siedem Świętych Kamieni. Płonie rytualny ogień. Jagman odczytuje słowa z Dziennika Anzeray'a.